Asagaya Makato, un simple lycéen, se retrouve soudain réincarné en intelligence artificielle pilotant un vaisseau spatial. Pris au piège, le navire est assiégé par des ennemis et son réacteur principal est en ruine.
L’ancien capitaine a succombé au combat, confiant le commandement à une princesse impériale inexpérimentée. D’abord persuadé de vivre un rêve, Makato finit par embrasser son destin de vaisseau sentient, poussé par la détermination de la jeune souveraine.
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